失控发票带来的财务风险

2017年8月份我公司接到一家老账，之前的会计做的是手工账，但每个月的会计报表数据和网上申报数据并不相符（原因为在网上报完之后又改账，未到税务局改表），报表勾稽关系也不对，并且无库存表，销售成本是按照比例结转的，银行余额对不上，往来科目多（例如：应收账款大约500多个，往来科目有些需要清理），之前的会计每个月也不给企业返还账本和凭证，我们去接账的时候都是现做的，有的原始凭证长时间未粘贴已经丢失，也有原始凭证没有入账的。
该企业还有一个严重问题：存在失控发票（失控发票为我方已经进行认证，但对方当月作废了，相当于多做进项，需要进行进项税转出，补缴税款及滞纳金），2017年4月份，专管员已经给之前会计打过电话，说有失控发票需要解决，但是会计迟迟未去，导致这家企业变为高风险户，出现红色预警。
在我们接账之后，进行建账套、初始化录入，进行往来清理、查找每个月的银行差额，在清理账的过程中发现有的银行发生额少记一个0，或是这家的往来挂到了另外一家，在建账之后还有一个问题：是每个月留抵税和国税网站上也不一致，清账之后联系专管员，进行失控发票的进项税转出，共计补缴了70万的税，滞纳金高达2万元。
我们接账之后进行账目清理，到税务局办理相关涉税事项，并进行深度回访，确定期初库存余额、讲解企业是如何依法纳税等财务注意事项，截至2018年4月末，账面上的往来剩余100多个，每月缴税额与税务网站上的也能对应上。