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（一）、征税方式税率不同
个体工商户由过去单一的核定征收，而改为核定征收、查帐征收两种方式，查账征收的方式对于个体工商户来说可能要更复杂一些，有完备的会计制度并建立账薄。公司则是查帐征收为主只有少数企业为核定征收，并且核定征收正在逐步取消。
个体工商户生产经营所得缴个人所得税，公司缴纳企业所得税。同等利润情况下个体户经营所得远高于小规模纳说人。
（二）享受国家优惠政策不同
国家鼓励成立公司各地区纷纷出台好多“个转企”政策，同时好多地方政策只针对于公司，而于个体户无缘（举例：沈阳对于大学生入驻创业基地有二十万、二百平的场地补贴政策只针对大学生注册公司，不包括个体）另外国家对公司监督管理严格程度不同，对公司管理要严格一些。
（三）、个体工商户不能转让，但是公司却可以
个体工商户经营者不能做法人转让/变更，根据《个体工商户条例规定》第10条——个体工商户变更经营者的，应当在办理注销登记完成以后，由新的经营者重新递交申请注册办理营业执照材料。
公司法人、股东则可进行股权变更、转让。
（四）、个体户不能开设分店，但是公司却可以
个体工商户都有一个固定的地址，这个地址只能办理一个营业执照，一个人只能注册一家个体工商执照。
公司不仅可以设立分公司、子公司，而且还可以设立集团公司。
（五）、个体户不能增加投资人和合伙人，但是公司却可以
个体工商户是一个人为经营主体，没有股份制度的说法，其他人不能加入成为投资者或者合伙人。
公司则按照股东协议增加几十甚至几百人并按对应的股份比例分红和承担责任。
公司人员构成可以是这样的
（六）、注册资本的要求
个体工商户没有注册资本的要求，公司则有注册资本要求。
个体工商户承担的是无限连带责任，但是公司则按出资额承担有限责任（现在公司出资额是认缴制，小编也不建议公司注册资本过高，太高的注册资本对于一些小的经营者也相当是无限责任）。
举例：一家注册资金100万元的公司因为经营倒闭，公司负债200万，而此时只需承担100万元的有限责任。
